EuroReference

Étude de deux ans portant sur les résultats d'essais interlaboratoires de diagnostic de la rage (test d'immunofluorescence, test d'inoculation à une culture cellulaire pour le diagnostic de rage, test d'inoculation à la souris, techniques de PCR) : point de départ pour l'harmonisation des méthodes
Emmanuelle Robardet (emmanuelle.robardet@anses.fr), Evelyne Picard-Meyer, Alexandre Servat, Florence Cliquet
Anses, Centre collaborateur de l'OMS (recherche et management) pour la lutte contre les zoonoses, Laboratoire de référence de l'OIE pour la rage, Laboratoire de référence de l'UE pour la rage, Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy, Malzéville, France

Deux essais inter-laboratoires portant sur les techniques de diagnostic de la rage ont été menés en 2009-2010 par le laboratoire de référence de l'Union européenne (LR-UE) pour la rage. Les résultats ont montré que les laboratoires avaient obtenu le pourcentage le plus élevé de résultats concordants avec les techniques de PCR (90,5 %), l'immunofluorescence (87,1 %), suivies par le test d'inoculation à une culture cellulaire pour le diagnostic de rage (70,0 %) et le test d'inoculation à la souris (35,0 %) en 2009 et l'immunofluorescence (85,0 %) et les techniques de PCR (80,6 %) suivies du test d'inoculation à une culture cellulaire pour le diagnostic de rage (77,3 %) en 2010. Indépendamment de l'année, les techniques moléculaires sont les techniques qui ont présenté le pourcentage le plus faible de résultats faux négatifs, alors que le test d'inoculation à une culture cellulaire pour le diagnostic de rage et le test d'inoculation à la souris (uniquement réalisé en 2009 pour ce dernier) sont les techniques qui ont obtenu le pourcentage le plus faible de résultats faux positifs. Au vu des résultats obtenus par les laboratoires participants, la technique d'immunofluorescence standard de référence présente une meilleure spécificité que la RT-PCR, avec 1,6 % de faux positifs en 2009 et 5,8 % en 2010, et une meilleure sensibilité que le test d'inoculation à une culture cellulaire pour le diagnostic de rage, avec 1,6 % de faux négatifs en 2009 et en 2010. Que ce soit avec les techniques de biologie moléculaire ou avec les tests d'immunofluorescence, les résultats faux négatifs n'ont été observés que sur des souches provenant de chauves-souris, soulignant le besoin d'améliorer plus particulièrement la qualité pour ces souches-là. L'analyse des questionnaires techniques et des procédures fournis par les laboratoires participants a fait ressortir la variabilité des méthodes employées, susceptible d'entraîner des incohérences entre les résultats. En 2009, l'impact du nombre de personnes interprétant les lames d'immunofluorescence a été souligné, et reconnu comme un facteur important influant sur les résultats des laboratoires. Cette constatation confirme qu'il est nécessaire de confier cette opération à deux personnes indépendantes, dans le cadre d'un diagnostic de routine de la rage. De tels résultats soulignent le besoin pour les laboratoires de diagnostic de la rage d'améliorer l'harmonisation des procédures. Pour faciliter ce travail, une première étape consiste à émettre des recommandations relatives aux techniques de référence les plus courantes, à savoir l'immunofluorescence et le test d'inoculation à une culture cellulaire pour le diagnostic de rage. Ces recommandations ont été élaborées sur la base des recommandations internationales de l'OIE et de l'OMS ainsi que d'une actualisation des connaissances relatives aux facteurs critiques connus pour avoir un impact sur les résultats.

Ce nouveau numéro d'Euroreference fait un focus sur le Laboratoire de référence de l'Union européenne pour les parasites. Localisé à Rome (Italie) depuis 2006, le LR-UE travaille sur les helminthes et les protozoaires zoonotiques. Essais inter-laboratoires d'aptitude, formation, activités de diagnostic et de normalisation des méthodes d'analyse font partie de son quotidien. Un retour épidémiologique sur la prévalence de quatre espèces de vers du genre Trichinella circulant en Europe vous est proposé.
Dans ce numéro, deux articles présentent des évolutions majeures de la réglementation européenne : le premier, publié dans la rubrique Focus, développe l'application de la nouvelle réglementation européenne relative à la protection des animaux et les contraintes qu'elle impose pour les expérimentations animales dans les laboratoires de recherche et de référence ; le second article présente la révision du règlement européen n°882-2004 relatif aux contrôles officiels. Il sera plus longuement détaillé dans le prochain numéro d'Euroreference.
Le Point de vue vous présente un exemple de séquençage des génomes, méthode d'avenir pour les laboratoires de diagnostic et de référence en microbiologie, illustré ici par une application à la métrite contagieuse équine.
Ce numéro, riche de sa diversité, fait également un retour sur deux ans d'essais inter-laboratoires de diagnostic de la rage au moyen de différentes méthodes. Il revient également sur les journées d'échange de la référence française, dans les domaines de la santé animale, de la sécurité sanitaire des aliments et de la santé des végétaux.
Un peu plus d'un an après l'amorce d'une nouvelle phase dans la vie d'Euroreference, nous sommes sur le point de réussir nos objectifs. Trois membres européens (Italie, Belgique et EPPO - European & Mediterranean Plant Protection Organization), et bientôt un quatrième (Pologne), ont rejoint le comité de rédaction.
Nous leur souhaitons la bienvenue dans la vie et l'animation du journal. Les deux précédents numéros thématiques, solides et consistants, sont venus soutenir notre démarche et élargissent le lectorat de la revue. Le prochain numéro thématique sera probablement consacré, en 2014, aux réseaux de surveillance des pathogènes et contaminants en Europe.
Nous espérons que vous aurez plaisir à lire ce numéro d'Euroreference et qu'il sera une source d'informations pour vos travaux professionnels.

La rédaction

Journée de la référence : une centaine de personnes réunies
Barbara Gouget (barbara.gouget@anses.fr)
Anses, Direction scientifique des laboratoires, Maisons-Alfort, France

Conférence scientifique annuelle 2013 de Med Vet Net
André Jestin (andre.jestin@anses.fr)
Anses, Direction scientifique des laboratoires, Maisons-Alfort, France

Bref compte-rendu du 2e atelier de l'OEPP destiné aux responsables de laboratoire de diagnostic phytosanitaire
Françoise Petter (petter@eppo.int ) et Madeleine McMullen
Secrétariat de l'OEPP, Paris, France

Préparation d'un corpus législatif européen sur les contrôles officiels : des animaux et des végétaux plus sains et une filière agroalimentaire plus sûre
Françoise Kremer (francoise.kremer@agriculture.gouv.fr)
Bureau des laboratoires et de la coordination des contrôles officiels , SCAS- SDPRAT
Direction générale de l'alimentation (DGAL) Ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt, Paris, France

Le séquençage complet des génomes, un investissement rationnel pour le développement d'outils de diagnostic et d'épidémiologie : l'exemple de la métrite contagieuse équine
Sandrine Petry (sandrine.petry@anses.fr)
Anses, Laboratoire de pathologie équine de Dozulé, Goustranville, France

Le nombre de génomes complets disponibles augmente de jour en jour avec la réduction continue des coûts et des délais de séquençage. De nombreux laboratoires, aussi bien publics que privés, participent à cet effort qui révolutionne la recherche fondamentale et tous les domaines en lien avec un processus biologique. Il est d'ailleurs à parier que dans un futur proche, le séquençage des génomes sera un outil de routine pour les laboratoires de diagnostic et de référence en microbiologie.