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Titre	Rubrique	Résumé	Auteur(s)	Code
Le Réseau Salmonella, un outil pour la surveillance des salmonelles de la « fourche à la fourchette »	Réseaux	Le Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort de l'Anses est associé (LNR-associé) au Laboratoire National de Référence desSalmonella (LNR-Salmonella) pour le sérotypage des Salmonella. Dans ce cadre, il anime le réseau d'épidémiosurveillance des Salmonella dans la chaîne alimentaire en France. Ce Réseau Salmonella regroupe environ 140 laboratoires français qui adressent volontairement au LNR-Associé soit leurs résultats de sérotypage, soit des souches pour confirmation. La centralisation de l'ensemble de ces résultats permet de suivre, depuis plus de 10 ans, les tendances évolutives d'isolement des sérovars deSalmonella dans la chaîne alimentaire et de détecter l'émergence d'un sérovar particulier ou d'une souche aux caractéristiques critiques pour la santé humaine.	R. Lailler, F. Moury, S. A. Granier, A. Brisabois	ER08-12RX01
Vers l'élaboration de protocoles robustes pour l'établissement de LMR pour les médicaments vétérinaires dans le miel	Recherche	Malgré les préoccupations très répandues concernant l'affaiblissement de la santé des colonies d'abeilles en Europe et dans le reste du monde, les apiculteurs n'ont à leur disposition que relativement peu de médicaments vétérinaires pour traiter les maladies des abeilles. Cette situation a peu de chance de s'améliorer tant qu'il n'y aura pas de protocole reconnu au niveau international en vue de l'établissement de limites maximales de résidus (LMR) pour ces médicaments dans le miel. Un projet de recherche a donc été lancé pour développer un protocole d'échantillonnage harmonisé et statistiquement valable afin de fournir les données scientifiques fiables, indispensables pour aider les autorités de régulation à proposer des LMR pour les médicaments vétérinaires dans le miel	R. J. Fussell, J. F. Kay, E. Verdon, M. Sharman	ER08-12RE01
Un exemple de réponse aux épidémies : impact de deux crises sanitaires (émergences des virus de la fièvre catarrhale ovine et Schmallenberg) sur un laboratoire de recherche et de référence	Point de vue	Deux virus transmis par des moucherons (virus de la fièvre catarrhale ovine et virus Schmallenberg) ont émergé dans le nord de l'Europe en 2006 et 2011 respectivement. L'UMR de virologie du laboratoire de l'Anses de Maisons Alfort (France) a été confrontée à l'émergence de ces deux virus en France. En quelques semaines, il a fallu développer et valider des outils de diagnostic sérologique et moléculaire, constituer et animer un réseau de laboratoires afin de pouvoir traiter des milliers de prélèvements et développer des projets de recherche sur les mécanismes physiopathogéniques des infections. La structure d'une UMR mêlant équipes de recherche et LNR permet de répondre à ces différentes exigences dans un laps de temps limité.	S. Zientara	ER08-12PV01
Sérodiagnostic de la Péripneumonie contagieuse bovine par immunoblotting	Méthodes	Autrefois fléau mondial de l'élevage, la péripneumonie contagieuse bovine aujourd'hui ne persiste plus qu'en Afrique et localement en Asie. L'Europe est considérée indemne depuis 1900, malgré plusieurs résurgences localisées depuis. La dernière résurgence fut de grande ampleur, elle affecta tout le sud-ouest de l'Europe entre 1980 et 1999. Les formes frustes et chroniques de PPCB sont difficiles à dépister. Elles sont la principale source de dissémination et ne sont souvent détectables que par la mise en place d'un dépistage sérologique systématique. Seule la mise en place systématique du test d'immunoblotting en Europe a permis d'éliminer la maladie dans les dernières zones infectées. Dans le présent document sont proposés des aménagements permettant de standardiser la fabrication des réactifs et la réalisation du sérodiagnostic afin d'en améliorer la reproductibilité et d'assurer une démarche qualité.	P. Gaurivaud, F. Poumarat	ER08-12ME01
Adoption par un réseau de laboratoires d'une méthode de PCR temps réel quantitative validée pour conduire une surveillance des avortements dus à la fièvre Q en élevages de ruminants	Méthodes	En France, la fièvre Q est une maladie d'intérêt pour l'état, tant d'un point de vue de la santé animale que de la santé publique. Cependant, les connaissances sur les situations épidémiologiques et sur les risques d'exposition restent ténues. Afin de permettre à la fois une évaluation des risques et une gestion des risques pertinentes, il est apparu essentiel de mettre en œuvre un dispositif de surveillance des avortements en série dus à la fièvre Q en élevages de ruminants.	E. Rousset, M. Prigent, G. Ameziane, R. Brugidou, I. Martel, A. GROB, G. Le Gall, S. Kerninon, J. Delaval, A. Chassin, B. Vassiloglou, S. Aulagnon, A. Valogne, M. Ogier, C. Audeval, F. Colocci, S. Perennes, L. Cazalis, P. Nicollet, C. Maingourt, K. Sidi-Boumedine	ER08-12ME02
Glossaire des termes techniques concernant la validation d'une méthode d'analyse de laboratoire dans le cadre de la démarche qualité	Editorial	Glossaire de termes, issus des normes XP U 47-600-1, NF ISO 5725-1 ou Pr NF ISO 99999 (NF X 07-001), Vocabulaire international de métrologie (VIM)	M. Laurentie	ER08-12GL01
Editorial du Numéro 8 d'EuroReference, par le Comité de rédaction	Editorial
Construction d'un dialogue entre les LNR et les laboratoires agréés français (« laboratoires périphériques »)	Actualités		B. Gouget
Le guide LRUE Listeria monocytogenes	Actualités		B. Carpentier, L. Barre
XVIIIème congrès WVPAC à Nantes, du 19 au 23 août 2013, France	Actualités		G. Clément
Un Workshop International à Paris : "New Trends on Analytical Methods for Pesticides and Drug Residues"	Actualités		E. Verdon
Conférence internationale I3S « Salmonella et salmonelloses », du 27 au 29 mai 2013, Saint-Malo, France	Actualités		G. Clément
10ème Conférence Internationale sur les marqueurs épidémiologiques en microbiologie, du 2 au 5 octobre 2013	Actualités		S. Brisse
Le laboratoire mobile d’analyse, outil de gestion du risque	Méthodes	Pour répondre à la menace nucléaire, radiologique, biologique et chimique (NRBC), une capacité d’expertise a été développée, avec la création des réseaux de conseillers experts et de laboratoires Biotox-Piratox. Des moyens spécifiques ont été développés et mis en place auprès des différents services chargés de l’intervention pour l’analyse du risque, la protection et la décontamination. Parmi ces moyens, le laboratoire mobile d’analyse joue un rôle essentiel dans l’évaluation du risque RBC. Le texte ci-dessous décrit ses missions et la manière dont il les remplit, conformément à la circulaire n°750/SGDSN/PSE/PPS du 18 février 2011, relative à la découverte de plis, colis, contenants et substances suspectés de renfermer des agents radiologiques, biologiques ou chimiques dangereux	Martine Barbe-Le Borgne, Bruno Vanlerberghe, Fanny Rieunier	ER07-12ME01
Sécurité Sanitaire Globale et Networking	Actualités	Le Global Health Security Initiative (GHSI) est un réseau international informel, créé par les ministres de la santé des pays du G7 en novembre 2001, afin de préparer et de renforcer la réponse mondiale aux menaces que constituent pour la santé publique, les armes terroristes d’origine biologiques, chimiques, et radionucléaires (NRBC). La pandémie grippale a été ajoutée à la liste de ces menaces en 2002.	Ana Burguière	ER07-12AC01
Vers une norme européenne de surveillance et de dépistage de Clostridium botulinum s'appuyant sur des outils moléculaires élaborés dans le cadre des projets de recherche européens Biotracer et AniBioThreat et des programmes NRBC	Recherche	Une gamme d'outils de détection intégrant des techniques de dépistage des agents du botulisme et des incidents associés est nécessaire pour améliorer le dépistage et la surveillance des contaminations accidentelles et/ou volontaires de la chaîne alimentaire par des Clostridium producteurs de neurotoxines botuliques. La complexité de cette menace nécessite la mise au point de techniques de détection ciblant des marqueurs génétiques hautement spécifiques ainsi que leur évaluation, dans le cadre d’essais inter-laboratoires à l'échelle européenne, pour l'harmonisation d'un solide système de dépistage et de surveillance. Lors de différents projets de recherche européens, des tests de détection spécifiques par PCR en temps réel ont été élaborés pour la détection des types A, B, E et F de C. botulinum responsables du botulisme humain, ainsi que des types C, D de C. botulinum et des types mosaïques C/D et D/C associés dans le botulisme animal. Ces tests ont été intégrés dans un système prêt à l'emploi et simple d'utilisation, sous format GeneDisc® (Pall-GeneDisc® Technologies), qui a été évalué lors d’essais inter-laboratoires menés à l'échelle européenne. Les résultats obtenus se sont révélés spécifiques et fiables ; cette méthode a ainsi été proposée au Comité européen de normalisation (CEN/TC 275/WG 6/TAG 3) comme technique internationale de référence pour le dépistage et la surveillance des types A, B, E et F de C. botulinum dans la chaîne alimentaire.	Cedric Woudstra, Rickard Knutsson, Patrick Fach	ER07-12RE01
Sûreté et Sécurité biologiques et Référence : impact des réglementations nationales et européennes en matière de confinement biologique de niveau 3 et 4	Point de vue	Dans le contexte actuel de notre société, les enjeux liés à la « sécurité » occupent une place de plus en plus importante. Mais qu’appelle-t-on « sécurité » ? Le dictionnaire français Larousse la définit très simplement comme une «situation dans laquelle quelqu’un, quelque chose n’est exposé à aucun danger, aucun risque, en particulier d’agression physique, d’accident, de vol, de détérioration.» Appliquée au domaine biologique, la sécurité est une notion bien plus complexe, en pleine expansion, et qui a de profonds impacts sur le travail en laboratoire et notamment au sein des laboratoires de référence.	A. Tierno, E. Plateau	ER07-12PV01
Préparation d'un test de compétences franco-allemand pilote pour le diagnostic d'agents de menace biologique	Recherche	L'attaque terroriste clandestine qui a touché les États-Unis fin 2001, sous la forme d'une contamination intentionnelle par des spores de Bacillus anthracis d'origine militaire, provoquant la mort de plusieurs personnes, a profondément modifié la perception de la vulnérabilité au terrorisme. À la suite de cette attaque, baptisée « Amerithrax », le grand public a pris conscience de la menace de mort que peuvent constituer les armes biologiques lorsqu'elles se retrouvent entre les mains de terroristes. Cet incident bioterroriste extrêmement médiatisé a inspiré toute une série d'attaques semblables dans de nombreux pays, dont l'envoi de fausses lettres piégées à différents individus et organismes dans le but de les intimider. À l'heure actuelle, on dénombre encore un certain nombre d'incidents de ce type. Pour les experts, il ne s'agit plus aujourd'hui de savoir « si », mais plutôt « quand » et « comment » une véritable attaque bioterroriste sera lancée. Il est ainsi devenu indispensable de déterminer l'état de menace réel d'une substance ou matière suspecte donnée, lorsqu'un lien potentiel avec un acte de bioterrorisme ne peut pas être totalement exclu.	Ellerbrok, H., Dorner, B. G., Grunow, R., Jacob, D., Krueger, R., Niedrig, M., Nitsche, A., Pauly, D	ER07-12RE03
Projet "Biosafety-Europe" : Recommandations pour l’harmonisation des pratiques en matière de sécurité et sûreté biologiques en Europe sur la base d’une approche comparative	Méthodes	La recherche sur les micro-organismes hautement pathogènes dans des laboratoires de niveau de confinement 3 et 4 est très importante pour la santé publique humaine car elle offre la possibilité de développer des vaccins et de nouvelles méthodes thérapeutiques et diagnostiques pour prévenir les épidémies. Toutefois, elle représente également un risque pour la population dans la mesure où ces organismes risquent de se propager dans l’environnement suite à un accident au niveau du laboratoire, à de mauvaises pratiques de laboratoire ou au vol et au rejet intentionnel de tels organismes (attaque terroriste). Par conséquent, des mesures de confinement techniques et physiques appropriées et les meilleures pratiques en matière de sécurité et de sûreté biologiques doivent être mises en œuvre dans ces installations pour prévenir tout rejet accidentel ou intentionnel d’agents pathogènes dangereux.	Kathrin Summermatter, Thomas Binz	ER07-12ME03
Le septième séminaire du réseau national des laboratoires Biotox Piratox	Actualités	Le séminaire annuel du Réseau National des Laboratoires Biotox Piratox a été organisé les 26 et 27 avril 2012 à l’Ecole du Val de Grâce. Plus de 130 personnes ont répondu à l’appel du Conseil scientifique qui avait proposé de mettre l’accent cette année sur la formation à la sécurité et à la sûreté des personnels intervenant dans le cadre du réseau. Cela concerne tout particulièrement, mais pas uniquement, les personnels des laboratoires de biologie disposant de locaux confinés (laboratoires de sécurité biologique de classe 3 et 4 en particulier).	Patrice Binder	ER07-12AC02
Approche intégrée pour une réponse à la menace bioterroriste en France	Réseaux	Une préparation spécifique en réponse au terrorisme biologique constitue un réel défi pour les autorités publiques compte tenu de la grande diversité des agents pathogènes (virus, bactéries, champignons et toxines), de leurs modes d’actions et de leurs cibles potentielles (Thibault, 2009). Tout l’enjeu de la préparation consiste à prendre la mesure des menaces potentielles afin de dimensionner de façon appropriée des réponses spécifiques, sans gaspillage de fonds publics. Il s’agit pour l’état d’intégrer la menace bioterroriste dans l’ordre des priorités même si c’est un événement de très faible probabilité.	Christophe N. Peyrefitte, François Thibault, Sébastien P.M. Peyrefitte, Noël Tordo, Daniel Garin, Philippe Marianneau	ER07-12RX04
Le projet européen PLANTFOODSEC : cadre d'une démarche nationale d'analyse et de hiérarchisation des risques phytosanitaires	Recherche	L’Unité expertise des risques biologiques du Laboratoire de la Santé des Végétaux (LSV) participe depuis 2011, en tant que partenaire de l’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), au projet européen PLANTFOODSEC soutenu par l'Union Européenne dans le cadre de son septième Programme-Cadre de Recherche et Développement (http://www.plantfoodsec.eu/). La problématique de ce projet est la biosécurité des cultures et des produits issus de la filière végétale destinés à l’alimentation. Un de ses objectifs affiché est la formalisation d'un réseau de compétences dans ce domaine en Europe. D’une durée de 5 ans et financé à hauteur de 6 millions d’euros, le projet a débuté en février 2011 et réunit une dizaine de partenaires européens et internationaux,	Corinne Le Fay-Souloy, Philippe Reynaud, Bénédicte Moignot, Frédéric Suffert	ER07-12RE02
Intérêt des essais inter-laboratoires dans l’optimisation des compétences d’un réseau hétérogène de laboratoires	Réseaux	Un réseau national des laboratoires Biotox-Piratox a été créé en 2003 en France sous l’égide du Secrétariat général de la défense et de la sécurité nationale dans l’objectif de détecter, identifier et confirmer la présence d’agents du risque biologique ou chimique dans un contexte accidentel ou d’utilisation terroriste. Un conseil scientifique est chargé de coordonner le réseau des laboratoires Biotox-Piratox, d’organiser des exercices et d’identifier et promouvoir les développements technologiques susceptibles d’améliorer la capacité diagnostique au sein du réseau. Depuis 2007, quatre exercices ont été organisés dans le domaine biologique et un exercice dans le domaine chimique pour évaluer différents points critiques dans le circuit et le traitement des échantillons, essentiellement au niveau des laboratoires de deuxième niveau : transport et réception, traçabilité, techniques mises en œuvre, interprétation des résultats et réactivité.	Jean-Didier Cavallo, François Thibault, Benoît Gassilloud, René Courcol	ER07-12RX02
Projet EQAdeBa - Mise en place de programmes d’assurance qualité pour la détection de bactéries hautement pathogènes présentant un risque en matière de bioterrorisme	Réseaux	Le projet EQADeBa (Establishment of Quality Assurances for Detection of Highly Pathogenic Bacteria of Potential Bioterrorism Risk), financé par l’Union européenne (UE), comprenait 23 partenaires de 21 pays européens et était coordonné par l’Institut Robert Koch. L’objectif était d’effectuer et d’analyser des exercices pratiques d’assurance qualité externe ou EQAE (External Quality Assurance Exercises) axés sur des bactéries pouvant être considérées comme des agents potentiels de bioterrorisme entraînant des maladies telles que le charbon, la tularémie, la peste, la morve, la mélioïdose, la brucellose, et la fièvre Q. En outre, des réunions et des formations ont contribué à la mise en place d’un solide réseau de laboratoires et de diagnostic constitué des participants et d’autres laboratoires supplémentaires. Trois séries d’EQAE, comprenant l’examen d’échantillons plus ou moins complexes, ont eu lieu afin d’évaluer les capacités réelles des laboratoires concernés, y compris tous les aspects de la sécurité et de la sûreté biologiques. L’évaluation des résultats des exercices et les formations pratiques ont permis d’assurer le haut niveau de qualité des capacités de diagnostic et/ou d’améliorer les approches et méthodes appliquées par les laboratoires européens participants	Roland Grunow, Ursula Sauer, Anna-Maria Rohleder, Daniela Jacob	ER07-12RX03
Normaliser pour assurer la bonne exécution des missions en matière de menaces biologiques aux États-Unis	Méthodes	Depuis l'envoi des lettres empoisonnées aux spores de Bacillus anthracis en 2001, les forces de l'ordre américaines sont intervenues sur plus de 30 000 incidents mettant en cause des échantillons suspects. Aujourd'hui encore, les services d'intervention d'urgence sont sollicités quotidiennement, sur l'ensemble du territoire américain, en raison de poudres suspectes. Dans de nombreux cas, les intervenants procèdent à l'évaluation des échantillons sur le terrain. Aux quatre coins des États-Unis, les parties prenantes sont unanimes : pour assister ces intervenants dans leur mission de collecte et d'évaluation de matières suspectes et prendre les mesures de sécurité publique qui s'imposent à la lumière des résultats obtenus, il faut élaborer des normes consensuelles volontaires pour (1) un concept d'opération ; (2) la formation et l'habilitation des intervenants ; (3) l'évaluation des compétences des intervenants ; (4) la collecte des échantillons ; et (5) une technique de détection certifiée. Cet article se propose de récapituler les normes mises au point à ce jour pour répondre à trois des cinq points clés énumérés ci-dessus, pour intervenir sur une poudre ou un colis suspect : un concept d'opérations, la collecte des échantillons et une technique de détection certifiée.	Jayne B. Morrow, Matthew Davenport	ER07-12ME02
Une infrastructure de recherche européenne dédiée à l’étude des agents pathogènes du groupe de risque 4 : le projet ERINHA (European Research Infrastructure on Highly Pathogenic Agents)	Actualités	Soutenu par le Forum stratégique européen sur les infrastructures de recherche (ESFRI) et financé par la Commission européenne (2010-2013), le projet ERINHA vise à créer une infrastructure de recherche distribuée paneuropéenne de laboratoires de niveau 4, axée sur l’étude et la surveillance des microorganismes hautement pathogènes. L’objectif du projet ERINHA est de renforcer les capacités des laboratoires de niveau de sécurité biologique 4 (NSB4) en Europe, d’améliorer la coordination de leurs activités et de donner l’accès aux ressources des laboratoires NSB4 à tous les scientifiques européens intéressés, pour permettre à l’Union européenne de relever de nouveaux défis liés à l’émergence ou la réémergence d’agents pathogènes du groupe de risque 4.	H. Raoul, C. Carbonnelle, F. Chung	ER07-12AC03
Le réseau National des laboratoires Biotox – Piratox : un réseau de réseaux intégrés pour répondre aux besoins d’analyses face à une menace terroriste	Réseaux	Au début des années 2000 la vulnérabilité face aux risques d’attentat mettant en jeu des agents biologiques ou chimique fait partie de préoccupations des responsables de la sécurité publique. Les nombreuses alertes auxquelles un certain nombre de laboratoires ont du faire face d’octobre à décembre 2001 et le retour d’expérience de cette crise des « enveloppes » connue outre atlantique sous le nom d’ « Amerithrax » ont conduit le Secrétariat général à la défense et la sécurité nationale (SGDSN) à mettre en place un réseau de laboratoires pouvant être sollicité pour l’analyse « de plis et colis suspects de contenir des agents biologiques, chimiques ou radioactifs dangereux ». Ce premier réseau, d’abord destiné à la recherche de Bacillus anthracis, a très rapidement été considéré comme trop restreint, à la fois dans son périmètre de compétence et dans sa répartition territoriale. C’est pourquoi, en 2004, le SGDSN a proposé de l’élargir et de le structurer en lui confiant des missions de prise en charge d’analyses couvrant l’ensemble du spectre des agents chimiques et biologiques considérés comme pouvant présenter une menace terroriste. Un mandat interministériel a donc été confié à un groupe d’experts qui a organisé le « Réseau national des laboratoires Biotox Piratox »,	Patrice Binder	ER07-12RX01
Agressions biologiques et chimiques : vulnérabilités et réponses techniques, scientifiques et opérationnelles de santé publique	Editorial	La « sécurité », la « sûreté » face aux risques d’agressions biologiques et chimiques sont-elles aujourd’hui mieux connues, mieux assurées que par le passé ? Plus de dix ans après les actes terroristes de 2001, il est intéressant de revenir sur certains des dispositifs mis en place par les autorités nationales pour renforcer et améliorer de manière responsable les capacités de réponse face à des crises majeures de santé publique en Europe.
Formations et ateliers	Agenda			ER06-12A01
Organisation d’essais interlaboratoires de validation à l’échelle européenne pour la détection de Gibberella circinata dans les semences de pins	Méthodes	Gibberella circinata est un champignon parasite des pins faisant l’objet de mesures d’urgences phytosanitaires européennes depuis 2007. Les semences de pins sont les principaux moyens de dissémination à longue distance de ce champignon et des outils de détection fiables et pratiques sont requis pour contrôler la qualité sanitaire des lots de semences importés et commercialisés en Europe. Le Laboratoire de la santé des végétaux a pris le leadership d’un projet européen EUPHRESCO visant à sélectionner et évaluer par essai interlaboratoires un ou plusieurs protocoles de détection ciblant ce parasite, ainsi qu’une méthode d’échantillonnage appropriée. Ce projet permettra aux états membres, aux laboratoires de référence ainsi qu’aux acteurs de la filière de disposer d’un ou plusieurs protocoles consensuels et validés dont le niveau de performance aura été déterminé par le biais d’une collaboration internationale.	R. Ioos, C. Fourrier	ER06-12M03
LES METHODES DE DESINFECTION DES SURFACES PAR VOIE AERIENNE AU PEROXYDE D’HYDROGENE SONT-ELLES DES ALTERNATIVES AU FORMALDEHYDE ?	Méthodes	L’utilisation des propriétés bactéricides des gaz remonte à des temps très anciens. C’est Ulysse qui, de retour d’Ithaque après vingt ans d’absence, adresse à Euryclide les vers suivants, « Apporte-moi Ô vieille dame, le soufre purificateur, Et allume-le afin que je puisse désinfecter la chambre », après qu’il eût massacré, avec l’aide de son fils Télémaque, les prétendants à son trône en train de festoyer dans son palais (Torck, 1985). Au Moyen -Age, lors d’épidémies de pestes, à côté des quarantaines, les maisons contaminées étaient traitées à l’aide de fumée de paille, de soufre, d’antimoine et d’arsenic. A la fin du XVIIIème siècle, le premier procédé de désinfection par voie aérienne est codifié par Guyton-Morveau qui eut l’idée de faire dégazer l’acide chlorhydrique par l’action de l’acide sulfurique sur le sel marin (Chaigneau, 1977). Ce procédé très utilisé pendant les guerres de la Révolution et de l’Empire pour la désinfection des prisons et hôpitaux, disparu progressivement du fait de son agressivité alors qu’on assistait à l’apparition du formaldéhyde dont les propriétés bactéricides furent découvertes par Loew en 1888 et confirmées plus tard par Buchner et Segall. A partir de là, les publications d’inventions de procédés de diffusion pour le « traitement de l’air » n’ont pas arrêtées.	P. Maris	ER06-12M02
Dosage des résidus de néonicotinoïdes dans les abeilles par chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS)	Méthodes	La méthode de détermination des résidus de néonicotinoïdes dans les abeilles a été mise au point et validée en 2008 par le laboratoire de Sophia Antipolis (Laboratoire national de référence associé (LNR) sur les pesticides dans les denrées alimentaires d’origine animale et produits à forte teneur en matière grasse et LNR associé pour les résidus de pesticides selon les méthodes monorésidus). Le laboratoire dispose ainsi d'une méthode très sensible et rapide pour la recherche d'une éventuelle implication de ces insecticides dans les cas d'affaiblissements et de pertes de colonies d'abeilles.	Martel A.C., Lair C.	ER06-12M01
Une nouvelle technique de typage moléculaire de la moisissure opportuniste Aspergillus fumigatus ; application potentielle dans les couvoirs et les élevages avicoles	Recherche	La méthode de typage moléculaire MLVA (Multiple-locus variable-number tandem repeat analysis) s’est révélée très utile pour le génotypage de nombreux microorganismes et a permis d’apporter de nombreuses informations notamment dans le cadre d’enquêtes épidémiologiques. Dans cette étude nous avons développé cette technique pour le champignon filamenteux Aspergillus fumigatus. La méthode a été testée sur un panel d’isolats d’origine aviaire prélevés dans des élevages français et chinois. La méthode développée s’est révélée très discriminante, rapide et facile d’utilisation. De plus, elle a aussi démontré une capacité à regrouper les génotypes en fonction de l’origine géographique des isolats. De ce fait, cette méthode se révèle être un outil épidémiologique d’importance dans l’étude de la circulation de ce pathogène dans les élevages	Simon Thierry, Dongying Wang, Pascal Arné, Manjula Deville, Barbara De Bruin, Adélaïde Nieguitsila, Christine Pourcel, Karine Laroucau, René Chermette, Françoise Botterel, Jacques Guillot	ER06-12R01
En France, naissance du CNEV : Centre National d’Expertise sur les Vecteurs des maladies humaines et animales	Actualités	Chikungunya, dengue, fièvre catarrhale ovine, fièvre du Nil occidental, paludisme, maladie de Lyme, maladie de Chagas… Ces affections ont la particularité d’être transmises en France (y compris dans les territoires ultramarins) par des insectes ou des tiques. Ces maladies infectieuses sont une préoccupation majeure de santé publique humaine et vétérinaire. Les changements globaux (climatiques, environnementaux, sociétaux) génèrent aussi de nouveaux risques sanitaires. La lutte ou la protection contre ces vecteurs sont des stratégies majeures dans le contrôle de ces maladies infectieuses.	Paul Martin, Didier Fontenille
Le rôle des laboratoires de référence de l’Union européenne lors d’une crise de sécurité alimentaire : l’expérience du LR-UE pour l’Escherichia coli lors de la récente épidémie d’E. coli O104:H4	Point de vue	Le LR-UE pour l’Escherichia coli a joué un rôle actif lors des récents foyers épidémiques d’E. coli O104:H4 survenus en Europe. Sur la base des activités menées au cours de l’année précédente, une méthode de détection de la souche épidémique dans les aliments a été rapidement mise au point et diffusée à l’ensemble du réseau de laboratoires nationaux de référence (LNR), accompagnée des matériaux de référence appropriés. Le LR-UE a également testé différents types d’échantillons et organisé une étude inter-laboratoires sur la détection des VTEC (E. coli producteurs de vérotoxines) dans les graines utilisées pour la production de germes. Pendant toute la durée de la crise, le LR-UE a fourni un soutien scientifique et technique constant à la DG SANCO. De surcroît, le LR-UE a participé à la mission d’inspection effectuée par l’Office alimentaire et vétérinaire (OAV) en Égypte et a pris part à plusieurs initiatives et groupes de travail instaurés par l’EFSA et/ou l’ECDC. L’expérience des foyers épidémiques d’E. coli O104:H4 a confirmé que les activités des laboratoires de référence de l’Union européenne peuvent apporter une contribution non négligeable à la préparation de la Commission européenne aux éventuelles crises de sécurité alimentaire.	A.Caprioli, S. Morabito, K. De Smet	ER06-12P01
Le laboratoire de la santé des végétaux	Focus	Le Laboratoire national de la protection des végétaux (LNPV) a rejoint l’Anses le 1er janvier 2011 et est devenu le Laboratoire de la santé des végétaux. Son intégration dans une Agence indépendante s’inscrit dans la logique de la séparation de l’évaluation et de la gestion des risques, sollicitée pour le domaine végétal lors des Etats généraux du sanitaire. Le LNPV, laboratoire de la Direction générale de l’alimentation du ministère en charge de l’agriculture, assumait en effet l’expertise sur les organismes nuisibles de la santé des végétaux. Le Laboratoire de la santé des végétaux est désormais l’organe d’appui scientifique et technique des tutelles de l’Anses en matière de veille et de maîtrise des organismes nuisibles de quarantaine du végétal. Il réunit 80 personnes sur 6 sites en France. Son centre administratif est implanté à Angers, au cœur d’un campus du végétal de rayonnement mondial (Vegepolys) dédié à la recherche, au développement et à l’enseignement supérieur.	Valérie Molinéro-Demilly, Françoise Poliakoff, Philippe Reynaud, Géraldine Anthoine, Renaud Ioos, Jean-Emmanuel Gerbault, Jen-Claude Streito, Bruno Hostachy, Nathalie Franquet	ER06-12F01
La spectrométrie de masse à haute résolution (SM-HR) pour la recherche de substances médicamenteuses résiduelles	Recherche	Dans le cadre du contrôle règlementaire des substances chimiques à caractère médicamenteux présentes dans les denrées alimentaires d'origine animale, la spectrométrie de masse couplée à des techniques séparatives de type chromatographie gazeuse (CPG-SM) ou liquide (CPL-SM) est devenue la méthode analytique d'excellence par son aptitude à l'identification moléculaire des substances chimiques mais aussi par la confirmation quantifiée de ces substances à l'état résiduel dans les matrices biologiques que sont les produits alimentaires non transformés tels que le lait, la viande, le poisson, la volaille, les œufs ou le miel. Au milieu des années 2000, une évolution spectaculaire de cette technologie s'est fait jour et vient à présent révolutionner le développement méthodologique dans le secteur de l'analyse des résidus chimiques dans les matrices biologiques.	E. Verdon, T. Jagadeshwar-Reddy, D. Hurtaud-Pessel	ER05-11R02
Nouvelle perception de la diversité phénotypique des écotypes de R. solanacearum	Recherche	La diversité phénotypique et génétique des souches européennes de Ralstonia solanacearum, connu comme agent phytopathogène de quarantaine, est basé sur un schéma de classification en phylotypes et sequevars. L'arbre phylogénétique, construit à partir de souches de collection couvrant la diversité génétique connue de ce complexe d'espèces, a montré que seul l'écotype Brown rot, d'origine andine, était présent en Europe. Des incohérences ont été mises en évidence entre l'hôte d'isolement et le pathotype de l'écotype de certaines souches connues pour être inféodées à un hôte particulier. Les tests de pathogénie confirmèrent des virulences insoupçonnées pour deux écotypes majeurs : Brown rot et Moko.	G. Cellier, P. Prior	ER05-11R03
Amélioration du référentiel vétérinaire français (CA-SFM vétérinaire) pour la validation des antibiogrammes par diffusion en milieu gélosé	Recherche	L'antibiogramme par diffusion en milieu gélosé est validé par des contrôles de qualité interne définis dans les recommandations du CA-SFM (Comité de l'Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie). Ces contrôles sont principalement dédiés à la médecine humaine et sont peu adaptés au diagnostic vétérinaire. L'étude multicentrique décrite ici propose deux nouvelles souches de référence, Streptococcus uberis CIP 103219 et Pasteurella multocida CIP 103286, ainsi que de nouveaux intervalles de diamètres d'inhibition et un panel plus large d'antibiotiques testés pour Escherichia coli CIP 76.24 et Staphylococcus aureus CIP 76.25 afin de permettre une meilleure fiabilisation des résultats rendus par les laboratoires d'analyses vétérinaires.	M. Haenni, E. Jouy, E. Morignat, J-Y. Madec	ER05-11R01
PV	Point de vue			ER05-11P01
Identification bactérienne de routine par spectrométrie de masse MALDI-TOF au CHU de Lille : impact médical et économique	Méthodes	L'introduction récente de la spectrométrie de masse MALDI-TOF dans les laboratoires de bactériologie médicale a profondément bouleversé la manière d'identifier les micro-organismes isolés d'échantillons biologiques et environnementaux. Dans notre laboratoire du CHU de Lille, cette technique d'analyse a rapidement supplanté les méthodes d'identification phénotypique traditionnelles. Comparée à ces dernières, la spectrométrie de masse nous a permis en moyenne de réduire le délai d'identification des micro-organismes de 24 heures, à un coût huit fois moindre. Toutefois, l'identification de la totalité des bactéries rencontrées en bactériologie médicale reste tributaire de la richesse des banques de spectres, aujourd'hui encore incomplètes. L'incrémentation régulière de nouvelles données devrait cependant permettre d'atteindre rapidement une plus grande spécificité.	N. Blondiaux, O. Gaillot, R. J. Courcol	ER05-11M01
Occurrence du gadolinium anthropique dans les eaux destinées à la consommation humaine	Méthodes	D'octobre 2009 à juin 2010, le Laboratoire d'hydrologie de Nancy de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses, France) a mis en œuvre une étude visant à déterminer la fréquence et le niveau de concentration en gadolinium anthropique dans les eaux brutes et les eaux traitées de 285 sites français. L'étude a porté sur une liste de 45 substances réparties en 11 familles pharmaceutiques, médicaments humains et vétérinaires parmi lesquels on retrouve la famille des produits de contraste qui comprend notamment le gadolinium. La campagne de prélèvements et d'analyses a permis de définir l'occurrence du gadolinium dans les eaux destinées à la consommation humaine et les ressources en eaux brutes, mais également de faire un lien avec la présence d'autres traceurs anthropiques dans les eaux, comme le bore et la caféine.	JS. Py, A. Garnier, G. Vo Van Regnault, JF. Munoz	ER05-11M02
Épidémiologie moléculaire de la fièvre Q : une revue des méthodes de génotypage de Coxiella burnetii et des accomplissements majeurs	Méthodes	La bactérie intracellulaire obligatoire, C. burnetii, est l'agent responsable de la fièvre Q, une zoonose de répartition mondiale. L'identification rapide de la diffusion d'une souche donnée de C. burnetii dans une espèce-hôte ou entre différentes espèces est un préalable à toute investigation épidémiologique poussée (épidémies humaines, surveillance, suivi de l'efficacité des mesures de prophylaxie). Un certain nombre de méthodes de génotypage ont été explorées pour leur capacité à distinguer entre les isolats de C. burnetii dérivés de diverses zones géographiques et d'hôtes différents, mais surtout de patients présentant différents symptômes.	K. Sidi-Boumedine, E. Rousset	ER05-11M03
Mini-revue - Les cartes optiques : principe et applications en microbiologie	Méthodes	Les cartes optiques permettent d'obtenir une représentation graphique de la localisation des sites de restrictions dans le génome complet des organismes étudiés. Elles peuvent être obtenues de façon semi-automatisée par une méthode développée par la société OpGen. Les cartes optiques présentent de nombreux avantages pour l'aide et la finalisation du séquençage de génomes de procaryotes mais également d'eucaryotes. En épidémiologie, les cartes optiques sont un des seuls outils disponibles qui permettent d'étudier le génome complet ; de plus, elles apportent une caractérisation très fine permettant de différencier les clones épidémiques des autres lignées clonales. Enfin, lors d'études en génomique comparative, les cartes optiques permettent de comparer aisément et rapidement les génomes de plusieurs bactéries et de mettre en évidence des insertions/délétions de gènes voire des réarrangements non encore décrits.	M. Neto, G. Skorski, D. Thevenot, E. Loukiadis	ER05-11M04
Le Laboratoire de référence de l'Union européenne pour Campylobacter est hébergé par le National Veterinary Institute, SVA, à Uppsala	Focus	Le National Veterinary Institute, SVA, situé à Uppsala, est depuis 2006 le Laboratoire de référence de l'Union européenne (LR-UE) pour Campylobacter. Le SVA est également l'un des deux Laboratoires nationaux de référence (LNR) pour Campylobacter en Suède, et possède une accréditation suivant la norme internationale homologuée NF EN ISO/IEC 17025:2005. Le LR-UE pour Campylobacter a pour tâches principales d'apporter un appui scientifique et technique aux LNR et à la Commission (DG Sanco), d'harmoniser les méthodes de détection et d'identification de Campylobacter et d'évaluer la performance des LNR en matière d'analyse de Campylobacter.	E. Olsson Engvall, Elina Lahti, G. Lindgren, A. Nyman, B. Harbom, N. Pudas , L. Svensson, I. Hansson	ER05-11F01
Numéro 5: Editorial	Editorial
Bilan des EILA 2010 - Formations et ateliers	Agenda	Bilan 2010 des essais inter-laboratoires d'aptitude des Laboratoires nationaux et européens de référence de l'Anses ; ateliers ; formations 2011		ER05-11A01
Nomination du laboratoire de Sophia Antipolis de l'Anses comme laboratoire de référence de l'UE dans le domaine de la santé des abeilles - Le laboratoire de la santé des végétaux	Actualités	Nomination du laboratoire de Sophia Antipolis de l'Anses comme laboratoire de référence de l'UE dans le domaine de la santé des abeilles - Le Laboratoire national de la protection des végétaux (LNPV) a rejoint l’Anses le 1er janvier 2011 et est devenu le Laboratoire de la santé des végétaux
Identification d'antigènes précoces de trichinella spiralis et leur application au développement d'un ELISA pour le diagnostic de la trichinellose chez le porc	Recherche	La trichinellose est une zoonose parasitaire provoquée par la consommation de viande crue ou insuffisamment cuite d'animaux contaminés par des larves du nématode du genre Trichinella. Si le dépistage parasitaire direct est actuellement la seule méthode préconisée pour contrôler officiellement les carcasses à l'abattoir, l'introduction des méthodes sérologiques dans la nouvelle réglementation relative aux zoonoses parasitaires en Europe encourage leur développement.	A. Zocevic, S.A. Lacour, B. Giovani, P. Mace, I. Vallee, P. Boireau	ER04-10R01
Détection des principaux agents pathogènes de l’abeille domestique par PCR Multiplex	Recherche	Depuis ces dernières années, l’affaiblissement généralisé du cheptel apicole mondial, conséquence de pertes et d’affaiblissements inexpliqués de colonies d’abeilles, met en avant une diversité d’infections fongiques, bactériennes et virales potentiellement impliquées. Ces infections, qui ne sont pas systématiquement diagnostiquées, entraînent des incertitudes quant aux causes du phénomène. L’objectif du projet était de disposer d’outils de discrimination rapide des agents pathogènes majeurs de l’abeille domestique potentiellement impliqués. Il s’est concrétisé par la mise au point de PCR Multiplex permettant la détection de 14 pathogènes (7 virus, 4 bactéries, 3 champignons), ainsi que par la mise au point d’outils de quantification.	J. Carletto, A. Gauthier, J. Regnault, P. Blanchard, F. Schurr, M. Ribière-Chabert	ER04-10R02
Biodiversité microbienne et référence, le défi de la génomique	Point de vue	Il est devenu banal de dire que la biodiversité microbienne, définie comme la diversité génétique, phénotypique et fonctionnelle des procaryotes, virus ou eucaryotes unicellulaires, est considérable. Mais ceux qui l'étudient de près préfèrent la qualifier de "vertigineuse".	S. Brisse	ER04-10P01
Validation de kits commerciaux de RT-PCR en temps réel pour la détection des virus Influenza A chez le porc et la différenciation du virus pandémique (H1N1) 2009 dans cette espèce	Méthodes	Le porc étant très susceptible au virus Influenza pandémique (H1N1) 2009, on peut craindre une adaptation de cet agent infectieux à l’espèce. Le porc constituerait alors un réservoir et un hôte chez lequel ce virus pourrait subir des réassortiments avec d’autres virus Influenza A. Dans le cadre d’un renforcement de la surveillance des virus grippaux chez le porc, le Laboratoire national de référence (LNR) pour les virus Influenza porcins a proposé le développement de nouveaux outils (i) pour la détection des virus Influenza A chez le porc, (ii) pour la distinction du virus pandémique dans cette espèce. Cinq kits commerciaux de RT-PCR en temps réel ont été validés et recommandés aux laboratoires vétérinaires d’analyses.	F. Pol, S. Gorin, S. Quéguiner, C. Deblanc, G. Simon	ER04-10M01
Laboratoire de référence de l'Union européenne pour l'Escherichia coli producteur de vérotoxine basé à l'Istituto Superiore di Sanità, à Rome	Focus	L'Istituto Superiore di Sanità, à Rome, est, depuis 2006, le Laboratoire de référence de l'Union européenne pour Escherichia coli, y compris l'E. coli vérotoxinogène (VTEC). Il est aussi le laboratoire national de référence (LNR) pour l'Italie et détient une certification UNI EN/ISO 17025. L'objectif principal de son mandat est d'assurer que les méthodes utilisées par les LNR des États membres pour l'identification et le typage des souches d'E. coli, comme les VTEC, sont normalisées, ainsi que les méthodes pour détecter ces pathogènes dans les échantillons de denrées alimentaires et d'origine animale. Cet objectif est atteint par le développement de méthodes, la distribution de matériels de référence, l'organisation des essais inter-laboratoire d'aptitude, et l'accueil de chercheurs des LNR pour des stages de formation. Le Laboratoire de référence de l'Union européenne VTEC travaille avec d'autres institutions (EFSA, ECDC) pour mettre en place des programmes de suivi et de surveillance pour les VTEC.	A.Caprioli, S. Morabito, G.Scavia, R. Tozzoli, C. Graziani, C. Ferreri, F. Minelli, M.L. Marziano, S. Babsa	ER04-10F01
Numéro 4: Editorial	Editorial
Organisation d’ateliers / Formations / Essais interlaboratoires d'aptitude	Agenda	Organisation d’ateliers / Formations / Essais interlaboratoires d'aptitude
En France, création du Centre National d'Etude des Vecteurs / Désignation de l'Anses en tant que laboratoire national de référence pour les analyses de résidus de pesticides selon des méthodes "monorésidus" / Spécificités des Kits commerciaux pour la sérologie de la fièvre de la Vallée du Rift	Actualités	En France, création du Centre National d'Etude des Vecteurs / Désignation de l'Anses en tant que laboratoire national de référence pour les analyses de résidus de pesticides selon des méthodes "monorésidus" / Spécificités des Kits commerciaux pour la sérologie de la fièvre de la Vallée du Rift
Le profil d’exactitude : un outil pour décider et diagnostiquer la validité d’une méthode analytique	Recherche	Validation et détermination des critères de performance sont souvent confondus. Une commission de la SFSTP a développé un nouvel outil permettant de comparer domaine de validation et domaine de validité. Cet outil, nommé profil d’exactitude, est basé sur l’utilisation de l’erreur totale déterminée à partir des critères de performance tels que justesse et fidélité. Cet outil est un outil de décision mais également un outil de diagnostic comme le montre l’exemple d’application.	Michel Laurentie, Jean-Michel Delmas	ER03-10R01
Les collections de matériel biologique : un patrimoine scientifique pour la recherche et la référence	Point de vue	Les collections de matériel biologique sont des objets retraçant l’histoire des sciences et des Hommes. Leur valorisation au travers de travaux scientifiques est une source indispensable d’acquisition de nouvelles connaissances pour appréhender de nombreux phénomènes biologiques.	Isabelle Iteman	ER03-10P01
Essai inter laboratoire sur les résidus médicamenteux dans les eaux destinées à la consommation humaine	Méthodes	En juin 2009, le Laboratoire d’études et de recherches en hydrologie (Afssa, Nancy) a mis en œuvre un essai inter-laboratoires exploratoire en collaboration avec le réseau « Aquaref » afin de déterminer les pratiques des laboratoires et d’estimer une incertitude inter-laboratoires sur les molécules étudiées. Ces molécules étaient au nombre de 12 appartenant à six familles (hormones, antibiotiques, anti-inflammatoires non stéroïdiens, bétabloquants, neuroleptiques et autre) dont une molécule à usage vétérinaire. C’est le premier EIL sur les eaux destinées à la consommation humaine réalisé en France. Il a réuni 31 laboratoires dont 4 laboratoires non français.	Jean-Sébastien Py, Christophe Rosin, Nicole Rimlinger, Jean-François Munoz	ER03-10M02
Biotoxines marines lipophiles : évolution des modalités de surveillance des coquillages, mise en place d’une méthode chimique en complément du bio-essai sur souris	Méthodes	Les phycotoxines marines peuvent se bio-accumuler dans les coquillages et provoquer des intoxications chez le consommateur. L’extension du nombre d’épisodes toxiques, l’émergence de toxines nouvelles et le développement d’une méthode multi-toxines par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem (CL-SM/SM) a conduit à une évolution de la stratégie de surveillance des toxines lipophiles au niveau européen. Celle-ci se traduit par le remplacement du bio-essai sur souris par une analyse physico-chimique en tant que méthode de référence. Depuis le 1er janvier 2010, en France, le changement de méthode de référence a été intégré au dispositif de surveillance sur décision des autorités compétentes. Ce dispositif s’appuie sur les 2 laboratoires nationaux (le LNR de l’Afssa et le laboratoire Phycotoxines d’Ifremer) qui disposent chacun d’une méthode multi-toxines validée en intra-laboratoire et ayant fait l’objet d’un exercice d’inter-comparaison organisé par le LNR. Ces méthodes permettent de détecter, d’identifier et de quantifier les 13 toxines lipophiles réglementées et 2 toxines de familles émergentes, et répondent de ce fait aux exigences de la réglementation communautaire. Le bio-essai sur souris reste utilisé dans un dispositif complémentaire de vigilance permettant de détecter de nouveaux analogues et/ou l’émergence de nouvelles familles de toxines.	Sophie Krys, Virginie Hossen, Sophie Trotereau, Ronel Biré	ER03-10M01
Laboratoire de référence de l’Union européenne pour le contrôle des biotoxines marines	Focus	Le laboratoire des biotoxines marines situé à Vigo, qui relève du Ministère espagnol de la santé, est depuis 1993 le laboratoire de référence (LR) européen pour le contrôle des biotoxines marines et il est aujourd’hui l’un des laboratoires de l’Agence espagnole pour la sécurité alimentaire et la nutrition (AESAN). Dans le cadre de sa mission de développement des fonctions de laboratoire de référence de l’Union européenne, il dirige les efforts d’harmonisation des méthodes analytiques dans ce le domaine scientifique des biotoxines marines. Il soutient également différentes initiatives visant à introduire de nouvelles méthodes analytiques dont le développement est urgent et qui sont mieux adaptées aux connaissances de pointe actuelles. Le personnel du laboratoire de référence de l’UE constitue un groupe pluridisciplinaire qui comprend des chercheurs ayant une formation en biologie, en immunochimie et en chimie analytique, recevant le soutien d’experts de l’AESAN et d’universitaires.	Maria L. Rodriguez-Velasco	ER03-10F01
Numéro 3 : Editorial	Editorial
Numéro 3 : Agenda	Agenda
Les Laboratoires communautaires de référence deviennent Laboratoires de référence de l'Union européenne / Evaluation des laboratoires de référence de l'Union européenne dans le domaine de la santé animale et des animaux vivants / Atelier Scientifique Européen à Paris: “New Trends in Food Analysis - From LC-MS Technologies to UPLC” / En France, parution au Journal Officiel de l'arrêté désignant les laboratoires nationaux de référence dans le domaine de la santé publique vétérinaire et phytosanitaire	Actualités	Les Laboratoires communautaires de référence deviennent Laboratoires de référence de l'Union européenne / Evaluation des laboratoires de référence de l'Union européenne dans le domaine de la santé animale et des animaux vivants / Atelier Scientifique Européen à Paris: “New Trends in Food Analysis - From LC-MS Technologies to UPLC” / En France, parution au Journal Officiel de l'arrêté désignant les laboratoires nationaux de référence dans le domaine de la santé publique vétérinaire et phytosanitaire
La fin du test souris? - Med-Vet-Net, phase II, lancement de l'association - Un modèle de coopération en Europe - Modification des conditions de participation aux ateliers LCR	Actualités	La fin du test souris? - Med-Vet-Net, phase II, lancement de l'association - Un modèle de coopération en Europe - Modification des conditions de participation aux ateliers LCR
Numéro 2, Agenda	Agenda
Editorial numéro 2 : Quand les "cahiers" font référence	Editorial
Un laboratoire communautaire de référence pour les maladies des mollusques au coeur du Bassin Marennes-Oléron	Focus	Le Laboratoire de Génétique et Pathologie (LGP) Ifremer de La Tremblade est le laboratoire de référence des maladies des mollusques pour l’Europe depuis 1995. Il exerce également cette activité de référence pour la France et est désigné laboratoire OIE de référence pour la bonamiose et la marteiliose. Ces différents mandats lui confèrent des missions dont l’objectif principal est l’harmonisation du diagnostic de ces maladies. Le LGP développe en parallèle des activités de recherche sur les maladies et la génétique des bivalves marins. Cette position lui permet d’être réactif en cas d’épizootie et d’adapter les stratégies de surveillance en tenant compte des résultats et développements les plus récents. Des locaux uniquement dédiés aux activités de référence et de surveillance lui ont notamment permis d’être accrédité pour les analyses en histopathologie.	Isabelle Arzul	CR2-09F01
EILA 2008	Méthodes
Méthode d’isolement de Mycoplasma spp. chez les ruminants – Enseignements des résultats de l’essai inter-laboratoires 2009 réalisé dans le cadre du réseau VIGIMYC	Méthodes	Près de quarante espèces de mycoplasmes ont été décrites chez les ruminants, parmi lesquelles plusieurs sont pathogènes et certaines sont responsables de mycoplasmoses soumises à une réglementation nationale et/ou internationale. À la demande du vétérinaire praticien, lors d’une suspicion de mycoplasmose, les laboratoires départementaux recherchent en routine les mycoplasmes dans les prélèvements cliniques transmis pour diagnostic. Lorsque cette analyse est positive, le laboratoire d’études et de recherches en pathologie bovine et hygiène des viandes de l’Afssa à Lyon, dans le cadre du réseau d’épidémiosurveillance des mycoplasmoses des ruminants (VIGIMYC), procède à l’identification du/des mycoplasmes isolés en culture (Poumarat et al., 2009 ; Chazel et al., 2008). Afin d’harmoniser les techniques d’analyses dans les laboratoires, Vigimyc a récemment proposé un essai interlaboratoires (EIL) d’isolement de mycoplasmes auquel 32 laboratoires du réseau ont participé. Cet article a pour objectif de présenter les erreurs observées et de proposer des mesures correctrices.	Myriam Chazel, Florence Tardy, François Poumarat	CR2-09M02
Détermination du sérovar de souches de Salmonella isolées dans le secteur vétérinaire par la méthode d’agglutination rapide sur lame - Recommandations pour les sérotypes réglementés dans la filière avicole	Méthodes	La réglementation européenne impose la maîtrise de certains sérovars de Salmonella dans les troupeaux de poules (Gallus gallus). Afin d’homogénéiser la fiabilité des résultats des laboratoires il est indispensable de posséder un guide technique indiquant la démarche de sérotypage des Salmonella. Cet article présente la méthode de sérotypage suivie par le laboratoire de l’Afssa, ainsi qu’une liste des sérums indispensables à une identification sans ambiguïté des sérovars réglementés dans la filière avicole.	Corinne Danan, Sylvine Fremy, Frédérique Moury, Marylène Bohnert, Anne Brisabois	CR2-09M01
La référence et la recherche: un cercle vertueux	Point de vue	S’il est admis qu’un laboratoire de référence ne peut fonctionner correctement sans une assise scientifique conséquente, l’apport que l’activité de référence peut offrir à la recherche n’est pas toujours aussi bien reconnu.	Pierre Kerkhofs	CR2-09P01
Détection et caractérisation des maladies à prion bovines	Recherche	Depuis 1986, date de l’identifi cation de l’Encéphalopathie Spongiforme Bovine (ESB) au Royaume-Uni, nous avons dû nous adapter aux programmes de dépistage des maladies à prion chez les bovins, notamment suite à l’identification de nouvelles formes atypiques (ESB-L, ESB-H). Pour cela nous avons développé et/ou évalué différents outils pour l’identifi cation et la distinction de l’ESB, l’ESB-L et l’ESB-H. En particulier, nous avons évalué un nouvel outil moléculaire : le TeSeE®-Wb. Cet outil, en démontrant des performances intéressantes, principalement dues à son anticorps monoclonal Sha31, a rejoint le panel de méthodes utilisé en France pour la détection et la discrimination des différentes encéphalopathies spongiformes subaiguës transmissibles (ESST) bovines.	Jean-Noël Arsac	CR2-09R01
Nomination des LCR : maladies équines, rage, maladies des crustacés, tuberculose bovine / Nomination des laboratoires agréés pour la détection et la quantification de résidus de produits phytopharmaceutiques sur végétaux et produits végétaux	Actualités	Nomination du LCR maladies équines Afssa – Laboratoires de Maisons-Alfort et de Dozulé (France) Nomination du LCR rage Afssa – Laboratoire de Nancy (France) Nomination du LCR maladies des crustacés CEFAS – Weymouth Laboratory (Royaume-Uni) Nomination du LCR tuberculose bovine VISAVET – Universidad Complutense de Madrid (Espagne) Nomination des laboratoires agréés pour la détection et la quantification de résidus de produits phytopharmaceutiques sur végétaux et produits végétaux
N°1, Agenda	Agenda
Éditorial - Ouverture des "cahiers de la Référence"	Editorial
Le Laboratoire national de référence sur l’Influenza aviaire	Focus	Le Laboratoire d’études et de recherches avicoles, porcines et piscicoles de l’Afssa à Ploufragan est pour la France le LNR pour l’Influenza aviaire (IA) et la maladie de Newcastle (ND) depuis 1992, année de la parution des premières directives européennes relatives au contrôle de ces maladies. Cette activité de référence nationale jointe à une activité de référence OIE (Organisation mondiale de la santé animale) concernant la bursite infectieuse et metapneumoviroses aviaires s’exerce aujourd’hui, en parallèle des travaux de recherche sur les viroses aviaires et cunicoles d’importance majeure ou émergentes, dans les locaux (1 100 m2 en laboratoires L2 et 80 m2 en laboratoires L3) dédiés à l’unité Virologie Immunologie Parasitologie Aviaires et Cunicoles. En outre, le LNR a recours aux installations expérimentales du Laboratoire d’études et de recherches avicoles, porcines et piscicoles sur le même site de Ploufragan pour les tests de pathogénicité sur poulet.	Véronique Jestin	CR1-09F01
Bilan des EILA 2008	Méthodes			CR1-09M02
Détermination des teneurs en métaux dans les denrées alimentaires d’origine animale : minéralisation par digestion par micro-ondes en système fermé et mesure par spectrométrie de masse couplée à un plasma induit (ICP-MS)	Méthodes	La méthode de détermination de la teneur en arsenic, cadmium, plomb et mercure dans les denrées alimentaires d’origine animale par minéralisation par digestion par micro-ondes en système fermé et par mesure par spectrométrie de masse couplée à un plasma induit est décrite ici. Cette méthode est appliquée par le Laboratoire national de référence (LNR) Métaux lourds (groupe B3c selon l’annexe I de la directive 96/23/CE du conseil du 29 avril 1996 relative aux mesures de contrôle à mettre en oeuvre à l’égard de certaines substances et de leurs résidus dans les animaux vivants et leurs produits) du Laboratoire d’études et de recherches sur la qualité des aliments et sur les procédés agro-alimentaires de l’Afssa (Maisons-Alfort).	Thierry Guérin, Laurent Noël	CR1-09M01
LNR-CNR : Pourquoi collaborer ?	Point de vue	Pour de nombreux pathogènes, il existe à la fois un Laboratoire national de référence (LNR) et un Centre national de référence (CNR). C’est le cas chaque fois que la maladie causée par un agent transmissible – bactérie, virus, parasite – est zoonotique et qu’elle constitue un problème ou une menace importante pour la Santé Publique humaine. Il est demandé, dans le texte portant nomination des CNR (1), que ceux-ci collaborent avec les LNR correspondants chaque fois que nécessaire. Il est probable que l’Arrêté de nomination des LNR mentionnera la même exigence. La collaboration entre les deux laboratoires est donc une obligation réglementaire et, bien au-delà, un devoir de Santé Publique. Pourquoi ?	Paul Martin	CR1-09P01
La chlamydiose aviaire : vers l’identification de nouvelles souches	Recherche	Le genre Chlamydophila constitue, avec le genre Chlamydia, la famille des Chlamydiaceae et comprend actuellement 6 espèces : Chlamydophila (C.) abortus, C. caviae, C. felis, C. pecorum, C. pneumoniae et C. psittaci (Everett et al., 1999). La chlamydiose aviaire (anciennement connue sous le nom d’ornithose-psittacose) est une zoonose due à C. psittaci. Les sérovars qui composent cette espèce présentent une spécifi cité d’hôte : le sérovar A est le plus souvent retrouvé chez les psittacidés, le B chez les pigeons, le C chez les canards et les oies, le D chez les dindes, le E chez les pigeons et les ratites et le F chez les psittacidés. Cette classification repose sur l’utilisation d’un panel d’anticorps monoclonaux. Les nouveaux outils de biologie moléculaire tendent à préciser et à affiner cette classification. Ainsi, des outils de génotypage alternatifs, Micro-Array (Sachse et al., 2008a et 2008b) et MLVA (Laroucau et al., 2008a), ont très récemment été décrits et mettent en évidence une plus large diversité au sein de cette espèce.	Karine Laroucau	CR1-09R01
Une thèse liée à la référence : L’apport de la spectrométrie de masse pour l’investigation des toxi-infections alimentaires à staphylocoques	Recherche	Le projet ProteomiqES a pour objectif d’élucider l’origine d’épisodes toxiques à staphylocoques. Pour cela, avons nous développé une nouvelle approche analytique utilisant les outils moléculaires et de physico-chimie séparative des protéines, en complément des méthodes microbiologiques et immunochimiques classiquement utilisées. Les résultats montrent une première application intéressante sur des cas de toxi-infections alimentaires collectives.	Jacques-Antoine Hennekinne	CR1-09R02

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